Le mythe de la création d'Hyrule se déroule à travers les âges entre les sages du pays. Il parle du temps avant le temps, ou du moins avant que les premiers êtres commencent à compter le temps. Le pays d'Hyrule est né lorsque trois déesses, Din, Nayru et Farore, descendirent du ciel et mirent de l'ordre dans la masse de poussière cosmique. Puis, elles créèrent cinq différentes races : les Zoras, créatures aquatiques dans les régions marines, les Gorons, mangeurs-de-pierres dans les montagnes, les Elfes et leur gardien l'Arbre Mojo, dans la forêt de Kokiri, les Gerudos, dans les déserts et les Hyliens, dans les vertes plaines.
Avant de quitter ce nouveau monde, les déesses confièrent aux races les codes sacrés de l'ordre et, à leur départ, elles laissèrent un symbole de leur pouvoir, la légendaire Triforce. Représentant les trois aspects des déesses, Pouvoir, Courage et Sagesse, la Triforce devint la base de la providence d'Hyrule et était vénérée par toutes les races du pays. Bénéficiant de la magie de la Triforce, la région qui l'entourait devint prospère et magnifique. Ce royaume légendaire était connu sous plusieurs noms, dont le Royaume Sacré et plus tard, le Pays d'Or.
Bien que la plupart des habitants d'Hyrule respectaient la Triforce, certains complotaient pour la voler et utiliser son pouvoir à leurs propres fins. Pour éviter que la Triforce ne tombe dans de mauvaises mains, un grand sage, Rauru, fit construire le Temple de la Lumière pour garder l'entrée du Royaume Sacré. À l'intérieur du temple, le chemin menant au Royaume Sacré était protégé par un sceau magique qui ne pouvait être brisé que par une personne possédant tous les aspects de la Triforce dans un parfait équilibre.

Le temps passait, la Triforce devint une légende et les différents peuples d'Hyrule oublièrent l'ordre qu'avaient laissé les déesses. Les guerres devinrent communes dans Hyrule, les armées de Zora avançaient sur les Hyliens et les Gorons luttaient contre les Gerudos. Il semblait que chaque race d'Hyrule était en guerre contre une autre. Seuls les Kokiris, protégés par leur grand Arbre Mojo, étaient épargnés de la destruction.

Après cinquante ans d'incessants combats, un Roi Hylien de grande sagesse, courage et pouvoir, arriva. Grâce à sa grande diplomatie, il put ramener les peuples d'Hyrule à une harmonie durable. Des traités de paix furent signés et la prospérité sembla de nouveau régner dans Hyrule. Mais à peine la paix déclarée, de nouveaux ennuis s'abattirent sur le pays.
Dans le désert d'Hyrule, le Roi des Voleurs Gerudos, Ganondorf, vint à apprendre les vieilles légendes de la Triforce lors de ses recherches. Les histoires parlaient d'un grand pouvoir qui profiterait à celui qui possédait ce symbole :

"Dans un royaume au-delà de nos yeux,
Le ciel était d'or et non bleu,
Là-bas la Triforce avait la capacité,
De faire des rêves de mortels une réalité".

Une autre légende peu connue intriguait particulièrement Ganondorf. Elle indiquait comment pénétrer dans le Royaume Sacré. Selon l'histoire, il y avait trois Pierres Spirituelles qui faisaient partie de l'énigme permettant d'ouvrir le Royaume Sacré. Les Pierres Spirituelles étaient détenues par les Kokiris, les Gorons et les Zoras. Mais bien qu'elles étaient essentielles pour entrer dans le royaume, un autre objet était absolument nécessaire : l'Ocarina du Temps. Cet instrument magique était transmis de génération en génération dans la Famille Royale d'Hyrule. Fort de toutes ces informations, Ganondorf mit son plan à exécution.

Avec ses comparses, il quitta son désert dans l'intention d'utiliser ses propres pouvoirs mystiques et la force de ses armées pour voler les Pierres Spirituelles. Il croyait qu'il serait facile de forcer les Gorons et les Zoras, affaiblis par les guerres d'Hyrule, à remettre leur pierre, et qu'il pourrait facilement détruire l'arbre des Kokiris. Les pierres en sa possession, il utiliserait la tromperie pour obtenir le dernier objet. Sa prochaine rencontre avec le Roi d'Hyrule serait l'occasion parfaite pour infiltrer le puissant Château d'Hyrule. Une fois à l'intérieur, il chercherait quel membre de la famille détenait l'ocarina. Il était prêt à tout pour l'obtenir, quitte à tuer son propriétaire si nécessaire, même si celui-ci était la petite fille du Roi d'Hyrule, la Princesse Zelda... Au fil du temps, Link parvient à vaincre Ganondorf et le renvoie dans les tréfonds des enfers. La Princesse Zelda redonne à Link sa jeunesse et la paix règne à nouveau à Hyrule. C'est trois mois plus tard que débute l'histoire de Majora, histoire qui prendra, par la suite, de très grandes proportions.

Un jour, alors que Link explore les bois, deux petites fées surgissent effrayant Epona. Link se retrouve à terre inconscient. C'est alors qu'un étrange petit bonhomme, un Skull Kid, s'empare de la précieuse Ocarina et s'enfuit avec Epona par un passage mystérieux. Bien sûr, Link le poursuit et se retrouve dans un monde totalement bizarre et inconnu : Termina. Il se rend vite compte que la fin de ce monde est proche, car la lune se rapproche dangeureusement. Avec l'aide de Taya, l'une des fées abandonnée par le Skull Kid, Link décide de sauver Termina avant les 72 heures qui lui restent.

D'abord, il dut s'habituer à sa nouvelle apparence et aux capacités qui l'accompagnent. Il dut également faire connaissance avec les habitants de Bourg-Clocher, la capitale de Termina, certains lui étant étrangement familiers. Un grand nombre d'aventures et de quêtes attendent Link dans la mission confiée par le Vendeur de Masques pour déjouer les plans de Skull Kid : rapporter le Masque de Majora.

Un monstre se cachait dans chaque temple, mais plus puissant et plus maléfique que les autres. Link parvint à tous les vaincre, réveillant les quatre Géants qui stabilisèrent la lune dans le ciel. Il put ainsi retourner à Hyrule. Malheureusement, durant son absence il s'était passé beaucoup de chose...